Seyyid Nizam Tekkesi'nin kuruluş tarihi tam olarak tespit edilememişse de, 16. yüzyılın ikinci çeyreği içinde yer aldığı tahmin ediliyor. Tekke binalarının zaman içinde geçirdiği onarım ve değişimler de net olarak bilinmemektedir.
Tekkelerin kapatılmasından (1925) sonra, tevhidhane-türbe binası, cami olarak kullanılmaya başlanmış, meşruta ise cami görevlilerine tahsis edilmiştir.
1974'te Ahmet İpan isimli bir hayırsever tarafından, avlu girişiyle çevre duvarları, tekkenin ilk olarak inşa edildiği 16. yüzyılın klasik üslubuna uygun biçimde yenilenmiş, 1980'lerde avluda yeni bir şadırvan inşa edilmiştir. Günümüzde önemli bir ziyaretgâhtır.