Zemini avludan yedi metre kadar aşağıda olan çilehaneye türbenin hemen arkasından on beş - yirmi basamaklı bir merdivenle iniliyor. Burası otuz metrekarelik bir kuyu üzerine oturtulmuş küçük bir kapısı ve penceresi dışında hiçbir donanımı olmayan bir barakadır esasen. Bununla diğer çilehanelere nazaran epeyce de ferahtır. Barakayı kırmızı balıkların yüzdüğü havuz çevresini dolanan dar bir yol kuşatır. Havuzdaki suyun ayazma (Hıristiyanların inanışına göre kutsal kabul edilen şifalı su) olduğuna inanılıyor. Genelde bir tekkede olması gereken mutfak, taamhane yani yemekhane, derviş hücreleri, selamlık ve hünkar köşkü gibi müştemilata ait herhangi bir ize burada rastlanmıyor. Bugün avlu içerisinde kalan tekke haziresi büyük mezarlıkla birleşmiş durumda. Bu hazirede birçok meşhur simanın da mezarı yer alıyor. Bunların başında Şeyh Kenan Rıfai ve onun ardıllarından olan meşhur yazar Samiha Ayverdi, kardeşi mimar ve sanat tarihçisi Ekrem Hakkı Ayverdi geliyor.
Tekke ve zaviyelerin 1925 senesinde kapatılmasını izleyen dönemde camitevhidhanesi, sadece cami olarak kullanılmaya devam etmiş olan tekke, 1965 senesinde bir onarım daha geçirmiştir.Bu günkü görünümünü ise son yıllarda bir kez daha yapılan restorasyon çalışmaları neticesinde kazanmıştır.
MERKEZEFENDİ ÇEŞMESİ
Tekkenin cümle kapısından girmeden evvel, kapının sağında küçük bir çeşme karşılıyor iyaretçiyi. Büyük Merkezefendi Mezarlığı’yla birleşen ve tekke haziresinin duvarına gömülmüş olan bu küçümen çeşme bir ayna taşı ve pek de derin olmayan bir tekneden ibaret. Çeşme şu an faal değil ve lülesi de sökülmüş durumda. Vaktiyle tekkenin Mimar Sinan tarafından yenilendiği devre ait bir çeşmenin varlığından söz ediliyordu. Fakat bu çeşmenin o çeşme olmadığı biliniyor. Zira üzerinde iki mısralık ebced hesabıyla düşülmüş tarihinden de anlaşılacağı üzere bu çeşmenin yapılış tarihi, Hicrî 1227 / Miladî 1812 tarihini göstermektedir.
MERKEZEFENDİ CÜMLE KAPISI
Kapı, kesme küfeki taşından örülmüş. Dış yüzü mermer kaplı, kilit taşı çıkıntılı ve yuvarlak kemeri yanlarından pilastlarla kuşatılmış. Kilit taşının üzerinde iki kitabe ve iki kitabenin ortasında bir tane tuğra yer alıyor. Tuğranın sahibi Sultan II. Mahmut. Tuğrada meşhur hattat Mustafa Rakım Efendi’nin imzası var. Kitabelerde de yazılı olduğuna göre, Merkezefendi Tekkesi, 1836 yılında II. Mahmut tarafından yenilenmiş. Kitabede yer alan manzum metnin sahibi Ahmed Sadık Ziver Paşa, ta’lik hattıyla yazılmış bu kitabeyi yazansa Hattat Yesarîzade Mustafa İzzet Efendi. Bugün caminin haremi (iç kısmı) olarak işlev gören bölümü, esasen tekkenin tevhidhanesidir. Dikdörtgen planlı ve on yedi metreye on altı metre ölçeğindeki bu alan kâgir, üstleri sıvalı duvarlarla, moloz, taş ve tuğlayla örülüdür. Malzemesi kesme küfeki taşıdır. Fevkani bir müezzin mahfili ve ayrıca bayanlar için üst katta da bir bölümü var.